Husby Sø er botanisk en af landets artsrigeste søer. I 2005 blev der fundet 54 plantearter, hvoraf der var 41 undervandsplanter, 6 arter af kransnålalger, 1 art af mos og 7 arter af flydebladsvegetation. Der blev registreret 14 af landets 19 vandaksarter samt 3 krydsninger af Vandaks. 10 arter af blomsterplanterne er med på den danske gulliste, dvs. arter med tilbagegang på landsplan de seneste år. Desuden findes arten vandranke der er på den danske rødliste (sårbar) og EU-ansvarsart. Forekomsten af vandranke anses dog for at være stærkt truet på grund af tilgroning med bl.a. tagrør og søkogleaks samt manglende dynamik på grund af digerne langs bredden. Der laves plejetiltag i samarbejde med de private lodsejere med slåning af vegetation langs bredden og græsning.
I området findes flere interessante fuglearter. Det drejer sig blandt andet om rørdrum, rørhøg, sortterne og en stor hættemågekoloni. Desuden er området også levested for odder og senest også bæver, der har spredt sig fra Klosterheden. Der er også mulighed for at se en lokal udgave af sort sol, når stærene samles i tusindvis ved solnedgang.
